Das Anatomische Museum besitzt eine Vielzahl historisch wertvoller Präparate – etwa das erste beglaubigte Anatomiepräparat, ein Skelett von 1543. Es umfasst Originalpräparate von menschlichen Körperbereichen und Organen und veranschaulicht die vorgeburtliche Entwicklung des Menschen.

Mit dem Kauf eines Tickets kann auch das Pharmaziehmuseum der Universität Basel am selben Tag, und am darauffolgenden Öffnungstag besucht werden.